Вторая половина Спецнабора (августовцы) была выпущена из академии 9 декабря 1954 года. Небольшой отпуск на две недели (остаток после короткого летнего) увеличивался на несколько дней за счёт проезда домой, а затем - к новому месту службы.

Москвичам, которым предстояло работать в своём городе или в Подмосковье, никакой добавки к 14 дням не полагалось.

Прибыть следовало 24 декабря. Старший лейтенант Бордюков приехал, как и другие 12 человек, направленных в НИИ-4, на электричке с Ярославского вокзала, запасшись проездным билетом на месяц вперёд (больше не давали). Разумеется, тогда и в голову не могло придти, что этот месяц растянется до 60 лет, так что обыкновенный проездной станет завидным раритетом.

К тому времени в институте уже было девять "февральцев", также прибывших в институт сразу после завершения учёбы ещё летом.

 Большинство из них оставалось здесь до конца своей служебной, а часто и трудовой деятельности. Из этого состава к 60‑летию Спецнабора Бордюков М.М. остался единственным, кто продолжает работать в институте.

Свой путь в институте он начал научным сотрудником в лаборатории динамики полёта, (Д.Ф. Клим), входившей в комплексный отдел Г.С. Нариманова, где решались задачи широкого диапазона: создание таблиц стрельбы ракетами большой дальности (П.Е. Эльясберг, К.П. Феоктистов), эффективность стрельбы (А.М. Беляков), аэродинамика ракет и ГЧ (П.А. Мельников), создание спутника Земли на базе межконтинентальной ракеты (М.К. Тихонравов). Важную роль в организации работ, включая ввод в строй молодых специалистов, играл Г.А. Тюлин, который был тогда заместителем начальника института по научной работе.

Занимаясь вопросами устойчивости ракет в полёте, М. Бордюков тесно взаимодействовал со специалистами отдела А.В. Шишкина, где наряду с весьма прогрессивными разработками вычислительных средств проводились исследования динамики полёта методами электронного моделирования. В 1964 году сотрудничество специалистов смежных направлений привело к их слиянию в общем отделе динамики. М. Бордюков возглавлял этот отдел вплоть до 1981 года.

Большие методические наработки, уникальная экспериментальная база и творческий характер коллектива позволил разрабатывать тематику, порой выходящую за рамки "штатных" задач. Так, были заложены основы управления надёжностью сложных систем управления и эффективных методов их испытаний, теоретически и экспериментально обоснован принцип зондовой астронавигации, обеспечивающий высокую точность полёта и защищённость ББ от средств ПРО.

Опыт моделирования полёта в совокупности с работой СУ позволил создать систему контроля полётных заданий, введенную с тех пор как обязательный компонент в программное обеспечение средств планирования боевого применения РК РВСН.

Благодаря высокому теоретическому уровню и важному прикладному характеру результатов работы сотрудников отдела были созданы предпосылки для получения ими учёных степеней. В течение 15 лет после образования отдела в нём были защищены четыре докторских диссертации (Ермаков В.И., Прошляков К.И., Дворкин В.З., Левин А.Д.) и около тридцати кандидатских. М. Бордюков уделял значительное внимание научному росту сотрудников отдела не только как должностное лицо. По материалам проводимых в отделе НИР в качестве научного руководителя он подготовил в общей сложности семерых КТН. В течение полутора десятков лет, в среднем ежегодно в отделе проходило по две защиты, так что к началу 1980-х г.г. "стало некому защищаться" (кадровая "текучка" в это время почти отсутствовала).

Как и в других подразделениях института, в отделе было немало спецнаборовцев : Ю.Балакин, А.Бондаренко, Ю.Герциков, Л.Иванов, А.Кузьмин, Г.Лисничий, А.Пауков, Ю.Ржавский, Рубцов Л.Н., М.Штундюк, О.Щербаков.

 

В рассматриваемый период М. Бордюков наряду с участием в НИР занимался практической отработкой новых РК и их натурными испытаниями в в/ч 11284 (Ленинск/Байконур), был членом Госкомиссий, принимавших на вооружение единственную в своём роде орбитальную ракету разработки КБ М.К. Янгеля (1967), а также самую массовую МКР УР100 УТТХ КБ В.Н. Челомея (1981).

Кроме того, приходилось решать "смежные" вопросы, такие как совершенствование измерительной базы полигона, когда в 1973 году по заданию ВПК возглавлял Межведомственную комиссию по доведению до заданных характеристик комплекса внешнетраекторных измерений "Вега" разработки харьковского КБ Г.А. Барановского. В работе комиссий участвовали сотрудники полигона, института, Академии. И опять-таки, непростые задачи натурных испытаний не обходились без участия выпускников Спецнабора (В. Рюмкин, В. Катаев, В. Галактионов, А. Грабовенко, Д. Спицын).

В 1981 году сменил на посту начальника одного из самых крупных научных управлений коллегу по учёбе и работе Ю. Тимофеева, ставшего заместителем начальника института по научной работе. В 11-ти отделах управления решались вопросы обоснования перспектив, создания и отработки СУ РК новых поколений, а также разработки и внедрения в систему боевого управления методик и программ баллистического обеспечения пусков МКР.

В 1987 стал заместителем начальника института по математическому обеспечению, сменив на этой должности широко известного в ракетных войсках профессора А.А. Ларина, вернувшегося к преподавательской работе в качестве начальника кафедры ВА РВСН. Деловые и повседневные контакты с ним сохранились в последующие годы, что благотворно влияло на совместную работу.

Незадолго до окончания военной службы, в качестве председателя комиссии довелось принять участие в экспериментальной отработке новой перспективной системы, создаваемой НПО Машиностроения во главе с Генеральным конструктором Г.А. Ефремовым. Подготовительный этап, заключавшийся в опытных пусках будущего носителя, проходил на Байконуре весной 1990 года. Несмотря на успешное завершения этого этапа дальнейшее продвижение проекта, требовавшее значительных ресурсов, в условиях перестроечных трудностей было надолго заторможено.

После увольнения из ВС в конце 1990 года продолжил работу в институте, сначала по знакомой тематике НИР, затем (уже более 20‑ти лет) стал выполнять функции учёного секретаря, «переняв эстафету» от И.Ф. Бабича. Курируя подготовку научных кадров в целом, является учёным секретарём диссертационного совета, а также — секретарём Учёного совета (НТС) института.

Старается максимально полно использовать современные информационные средства для поддержания связей с товарищами по работе, прежней учёбе и, в частности, по Спецнабору. В последнем случае уделяет много внимания сохранению значительных мемориальных данных здесь на сайте.